糸状菌(しじょうきん)とは、糸状の形態を持つ菌類のことで、土壌中や植物に生息し、病害を引き起こすこともあります。同意語としては「カビ菌」があります。
糸状菌は、真菌の一種で、細長い糸状の構造を持つ微生物です。これらの菌は土壌中や植物の表面、内部に存在し、栄養を吸収して成長します。糸状菌には多くの種類があり、その中には植物に病気を引き起こすものも多く存在します。例えば、灰色かび病やうどんこ病の原因菌が糸状菌に含まれます。
糸状菌にはいくつかの種類と特性があります。